ბუონაპარტეების გვარი ტოსკანიდან იღებს სათავეს. არმიის ოფიცერი, სახელად უგო, მოხსენიებულია 1122 წლის დოკუმენტში. უგოს ძმისწულმა, რომელიც ფლორენციის მმართველი საბჭოს წევრი გახდა, მეტსახელად "ბუონაპარტე" (კარგი პარტია) აიღო. ასე უწოდებდნენ იმ მეომრებსაც, რომლებიც რაინდულ ტრადიციებს იცავდნენ, იტალიის ერთიანობისთვის იბრძოდნენ და პაპის პარტიის წინააღმდეგ გამოდიოდნენ. მაგრამ "კარგმა პარტიამ" ბრძოლა წააგო და უგო იძულებული გახდა ფლორენცია დაეტოვებინა. ის ქალაქ სარცანაში დასახლდა. XVI საუკუნის შუა წლებში უგოს ერთ-ერთი შთამომავალი, ფრანჩესკო ბუონაპარტე სარცანიდან კუნძულ კორსიკაზე გადასახლდა. გვარში ტრადიციული პროფესია იურისტობა იყო. ნაპოლეონის დედის, ლეტიცია რამოლინოს გვარი ლომბარდიელი გრაფის, კოლატოს შთამომავალი იყო და ნაპოლეონის დაბადების დროისთვის უკვე ორასორმოცდაათი წელი კორსიკაზე ცხოვრობდა. რამოლინოს გვარის ვაჟები ძირითადად სამხედრო სამსახურში მიდიოდნენ.
ნაპოლეონის მამა, პიზის უნივერსიტეტდამთავრებული იურისტი კარლო დი ბუონაპარტე კორსიკის ლიდერის, პასკუალე პაოლის გვერდით იბრძოდა საფრანგეთის წინააღმდეგ. მას თან ახლდა ნაპოლეონზე ფეხმძიმე ლეტიცია, უფროსი ვაჟით, ერთი წლის ჯუზეპეთი (ჟოზეფ ბონაპარტი) ხელში. ასე რომ, ნაპოლეონმა უკვე დედის მუცელში ყოფნისას გაიგონა ქვემეხების გრუხუნი. "ირგვლივ ტყვიები ზუზუნებდა, მაგრამ მე ქალწულ მარიამს მივანდე თავი და მასვე მივუძღვენი ბავშვი, რომელიც ჯერ არ გამეჩინა." - ამბობდა ლეტიცია. ერთხელ ადიდებულ მდინარე ლაიმონეში ლეტიციას ცხენი ძლიერმა ნაკადმა გაიტაცა. კარლო ფეხმძიმე ცოლისა და პატარა ჯუზეპეს გადასარჩენად მდინარეში შევარდა, მაგრამ ლეტიციამ შეძლო თავად დაემორჩილებინა ცხენი და ნაპირზე გავიდა.
კორსიკელების ბრძოლა ფრანგების წინააღმდეგ მარცხისთვის იყო განწირული. პაოლიმ ინგლისს შეაფარა თავი, კარლო და ლეტიცია კი აიაჩოში დაბრუნდნენ. კარლო შექმნილ ვითარებას შეურიგდა და საზღვარგარეთ გაქცევას კუნძულზე დარჩენა ამჯობინა. ფრანგული ოფიციალური ენა გახდა და კარლოც მის შესწავლას შეუდგა. ნაპოლეონიც, რომელიც ბუონაპარტეების ოჯახის ინგლისში გადასახლების შემთხვევაში კორსიკელად დაიბადებოდა, აიაჩოში საფრანგეთის მოქალაქედ დაიბადა.
კარლო მარია დი ბუონაპარტესა და მარია ლეტიცია რამოლინოს მეორე ვაჟი, ნაპოლეონე (ასე ჟღერდა მისი სახელი იტალიურად) 1769 წლის 15 აგვისტოს დაიბადა აიაჩოში, კუნძულ კორსიკაზე, ღვთისმშობლის მიძინების დღესასწაულზე. როგორც ნაპოლეონის ცნობილი ბიოგრაფი, ბრიტანელი ვინსენტ კრონინი (1924-2011) აღნიშნავს, ნაპოლეონის მშობლები, კარლო და ლეტიცია არისტოკრატული ოჯახებიდან იყვნენ და ბოლო სამასი წლის მანძილზე მათი წინაპრების უმრავლესობა მხოლოდ სოციალურად თანასწორზე ქორწინდებოდა. ამავე დროს, არ ხდებოდა ახლონათესაური ქორწინებები, რაც იმის საფუძველს წარმოადგენდა, რომ ყოველი ახალი თაობა ფიზიკურად და გონებრივად ჯანსაღი ყოფილიყო.
ნაპოლეონი ქუდბედიანი დაიბადა, რაც კორსიკაზე კარგ ნიშნად ითვლებოდა. მღვდელი, რომელიც იმავე დღეს მოვიდა ბავშვის მოსანათლად, ელოდა, რომ მარიამის დღესასწაულზე დაბადებულ ჩვილს ერთ-ერთ სახელად მარიას დაარქმევდნენ - ლეტიციამ ის ხომ ღვთისმშობელს მიუძღვნა. მაგრამ მშობლებმა არ მოინდომეს ქალური ელემენტის ჩართვა ბავშვის სახელში - პატარას, რომელსაც მამაცი ლეტიცია მუცლით ატარებდა თავისი მებრძოლი ქმრის გვერდით, მხოლოდ ერთი სახელი - ნაპოლეონი უხდებოდა, ლეტიციას ერთ-ერთი ბიძის სახელი, ფრანგების წინააღმდეგ რომ იბრძოდა. ნაპოლეონი ერქვა სახელად წამებულსაც, III საუკუნის ბოლოს, იმპერატორ დიოკლეტიანეს დროს რომ დაიღუპა ალექსანდრიაში.
ალბათ ლეტიციას მიერ კორსიკის მთებში გადატანილი განცდების გამო პატარა ნაპოლეონი ნაადრევად დაიბადა და ძლიერი ჯანმრთელობით არ გამოირჩეოდა. ლეტიცია შვილს თავადაც აწოვებდა ძუძუს, მაგრამ ძიძაც აუყვანა, კამილა ილარი, მეზღვაურის ცოლი. დედის მზუნველობისა და აიაჩოს ჯანსაღი კლიმატის წყალობით სუსტი ჩვილი მალე ჯანსაღ პატარა ბიჭად იქცა. უფროსი შვილი, ჟოზეფი წყნარი და მშვიდი, ნაპოლეონი კი ენერგიით სავსე, ფიცხი, თავნება და ცნობისმოყვარე იყო. გულუხვი პატარა სიამოვნებით აძლევდა თავის სათამაშოებსა და ტკბილეულს სხვა ბავშვებს და საპასუხოდ მათგან არაფერს მოითხოვდა. არც ჩხუბს გაურბოდა და ხშირად ეჭიდავებოდა წლინახევრით უფროს ჟოზეფს. ლეტიციამ ერთი ოთახი სულ დაცალა ავეჯისგან - წვიმიან ამინდში ბიჭებს შეეძლოთ თავის ნებაზე ეთამაშათ ამ ოთახში და კედლებიც კი მოეხატათ.